Her 100 veya her 500 de yada her 10 da isteğine göre scripti bekletebilirsin.

while(....){
$bekle++;
if($bekle =100){
sleep(60);
$bekle =0;
}
//mail işlemleri
}

Her 100 mail gönderiminde 60 saniye bekleyip tekrar göndermeye başlayacak.