index.html yerine o dosyanın ismini index.htm yaparsanız adres yazıldığında önce o sayfa açılır. ordan tıklandığında index.php ye geçiş koyabilirsiniz. htaccess e koda da gerek kalmamakta böyle olunca. htm sayfanın herşeye üstünlüğü vardır.
Bence yanılıyorsun. Serverdan öncelik sırasına göre gidiyor. Normalde ilk sırada ondan öyle. Yoksa en son .htm de olabilir.