Aynı sorun bendede vardı daha yeni yeni sıralamam düzeldi.

Tavsiye olarak ben 1 ay bekledim sonra siteyi yani ftp yi yedekledikten sonra sildim.

Sonra başka bir script kurdum, 2-3 gün sonra bir baktım çoğu indexim yerine oturmuş ve hemen diğer ftp yedeklerimi yükleyip kaldığım yerden devam ettim. Sorunu bu mu çözdü bilmiyorum ama denemenizde büyük fayda var. Hiç bir şey kaybetmezsin.