saldırı alıyorsanız siteniz çok hitliyse tek yöntem bence serverınızın mysql ve apachesinizi ayırmak çift makine kullanmak yani
Büyük çapta saldırı alan yada botlarını iyi yöneten fonksiyon kazandıran biri için senin 5 serverin olsun gider mysql sunucuna saldırır yada 5 serverine birden saldırır yine kapatır 3-5 makinanın olması saldırı anında makinaların iyi konfigure edilmesinde biter iyi konfigure ile saldırı büyüklüğüne göre tek makinada bile saldırıyı engellersin