Sorun günün her saatinde var mı?

Sorun yaşadığınız saatlerde top komutu ile işlemci ve ram durumunu kontrol ederseniz, problem burada da olabilir.

Ayrıca apache'den server-status e bakarsanız anlık kaç ziyaretçi olduğunu da gorebilirsiniz.
İşlemci ve ram'iniz müsait ise apache ayarlarından ServerLimit parameteresini artırabilirsiniz.

Eğer bunların hiç birinde sorun yok ise, hattınız sature değil ise, problemin kodlardan kaynaklı olma olasılığı olabilir.