Hocam server benim, bu arada problemin kaynagini bldum, Böyle bir olay basina gelenlere bilgi olsun diye acikliyayim.

Evdeki bilgisayara trojan bulasmis, tamamen benim hatam antivirüs kullanmama aliskanligimin sonucu, Trojanin bulasma kaynagi Cute ftp nin icindeki crack. Bu trojan ftp programindaki bütün sifreleri trojanin sahibine gönderiyor, adamda otomatik olarak ftp yolu ile bütün domainlerdeki alt klasörlerde dahil index.html veya php lere kodlari gönderiyor.
Önlem olarak root sifresini degistirdim ftp serverini durdurdum sitelerin ftp sifrelerini degistirdim, makineyi formatladim indexleri yalnizca okunur yaptim bekliyorum bakalim sonuc ne olacak.

Tavsiyem Cute ftp yi warezden indirip kurduysaniz hemen silin ve makinenizi trojanlardan temizleyin.