virüs programı uyarı vermiyor olabilir ( Antivir veya Nod kullanmıyorsan).. Ama sayfa ilk açılırken sol üşt köşeye bakarsan ?>> gibi şeyler göreceksin..
Temizlemek için ftp den hızlı bir şekilde; index.php index.html gibi dosyaları bul, aç ve en altında;

<iframe src='http://url ' width='1' height='1' style = 'visibility: hidden;'> </iframe>

veya buna benzer bir iframe göreceksin, onları teker teker silmen gerekiyor.. temizledikten sonra hemen ftp şifreni değiştir.. Sonra da pc'ni sağlam bir virüs programıyla tara..