Flash'ın bir kısmının çalışmaması ne demek anlayamadım.
Bir tane mi flash var, yan yana birkaç flash mı.
Eğer swf dosyası bozuksa o flash olayına giriyor o ayrı.
Flash eklerken; bir temaya eklenecek flash kodları bir de swf dosyası söz konusu. Acaba flash kodları mı yanlış ya da yanlış yere mi yapıştırıldı.
Aklıma gelen bir başka şey de tasarımdaki bozulmalar. css'de devreye girmesi gerekebilir.

Daha sağlıklı cevap için bu konularda bilgi lazım.