Israrcıyım, arkadaş JS dosyalarını okur mu okumaz mı diye sormuş ve burada bahsi geçen document.write('<a href="#">link</a>'); tarzı bir linkleme google tarafından görülür mü diyor. Sonu js ile ya da jsp ile biten ve google'da indexli html'imsi dosyaları demiyorum.

Ha kodları inceleyip (!) "Bu site zararlıdır" diyebilir ama sonuçta link olarak görmez. PageRank'ı etkilemez en basitinden.