Linux server kullanıyorsanız ssh'tan

nano /etc/my.cnf

komutunu uygulayın, gelen yerden wait_timeout bölümünü bulun ve karşısındaki değeri yükseltin, öyle bir değer yoksa kendiniz ekleyin.

wait_timeout=50

gibi..Daha sonra Ctrl+X ve Y kombinasyonları ile kaydedip service mysql restart komutu ile mysql serveri yeniden başlatın.

Not : Kullandığınız işletim sistemi ve panele göre mesajdaki komutlar değişebilir, hata alırsanız hatayı yazın çözümü hakkında yardımcı olalım.