Yapmanız gerekenleri ben sırayla yazayım. Siz tek tek uygulayın.

Apache Optimizasyon (httpd.conf)
MySQL Optimizasyon (my.cnf)
Sunucu üzerinde gereksiz bileşenlerin kaldırılması.

bunları yaparsanız. Vps'inizin yükü bir hayli azalır. Eğer bunları yaptıktan sonra da sorununuz devam ederse(ki edeceğini düşünmüyorum) aldığınız hizmetin özelliklerini arttırmanız gerekli.