Birden fazla site aynı db'de olacaksa prefix ayarlarını birbirinden farklı yapmanız yeterlidir.
Prefix tablolarda tablo isimlerinden önce kullanılan db'leri birbirinden ayıran kısa isimlerdir.
Örneğin.
Wordpres için wp_tablolar
IPB için ibf_tablolar

Prefix kullanılan tabloları ve db'yi silmek kolay olacaktır.
Kullanımda sorun çıkmaz.