<?php
$pages = wp_list_pages('sort_column=menu_order&title_li=&ec ho=0');
$pages = preg_replace('%<a ([^>]+)>%U','<a $1><span>', $pages);
$pages = str_replace('</a>','</span></a>', $pages);
echo $pages;
?>

kısmını silsen yeterliydi. Anasayfa linkinin görünmesini istiyorsan sadece yukarıdaki kısmı silebilirsin.