Rus kaynaklı br virüs
Sitenin kodlarına bakarsan kolayca görürsün <body> kodlarının başlangıcında js ile başlar..Yada </bodY> den hemen önce js olarak gözükür...
Silerek tekrardan ftpye at.Ama dikkatli olmalısın.Tüm default, index, login isimli dosyalara bulaşıyor:S
En iyi çözüm temizleme işlemini bitirdikten sonra FTPye bağlanırken mutlaka ftp programı kullan