yapacak birşey yok gibi bence google media bot girip siteye bakıyor http://www.benimsitem.com/index.php adresinin içeriğini indexliyor. Diğerini farklı bir url kabul ettiğinden indexleyip içeriğe uygun reklam çıkartana kadar da zaman geçiyor. Bence kullandığın scriptte domain ayarı varsa yada config dosyasında böyle bir ayar sitenin bu şekilde açılmasını sağla. ben bunun için cpanelden yönlendirme yaparak kurtulduğumu hatırlıyorum.