cron jobs php ile alakalı ilgili bir şey değil. apache,linux veya kontrol panelinin bir özelliği diye biliyorum. mantık olarak şöyle birşey olabilir. calistir.php yi her 2 dk da bir çalıştırtırsın. sonra zamanı kontrol edersin. eğer uygunsa komutlar çalışır, değilse hiçbirşey yaptırmazsın.