tolgay kardeşim merhaba,
İlk once şunu belirteyim.

Hiç bir programalama dalında (İntranet yada internet (pc,web) ) Bu Eski kullanılan bilgiler bir daha kullanılmaycak diye birşey yoktur.

Örnek vermeye kalksam binlerce şekilde örnek vermek zorunda kalacam.
ama ben kısaca anlatayım.

ama ondna önce şuna cevap vereyim : Evet. Bilmek zorundasın. (Uygulamak Zorunda Değilsin).

Mesela bir yerde WEB Programcı olarak işe başladın herşey çok güzek dediğin gibi hemen hemen herşey artık SQL tipi veri tabanları üzerinde işlem görmekte.

ama patronun sana "Bizim hosting firmamız SQL Hizmeti vermiyor, yada veriyorda biz veritabanı işlemleri kendi çapımızda sevmiyoruz. Senden Dosya İşlemleri ile ilgili çalışma istiyoruz". diye sıralıyor.

bu halde senin oraya "WEB Programcı" olarak giden kişiliğin patronun ve iş arkadaşın olacak kişiler tarafından "stajyer web tasarımcısı" olarak hafızalarında yer alacak.

demek istediğim PHP ile ilgili herşey bil,öğren ama uygulamak zorunda değilsin.
dediğim gibi uygulanacak olan yerler illaki vardır.
Eğer ağır projelerde yer alacaksan muhakkakki File system ile ilgili işlemler ister istemez karşına çıkacaktır.

Kolay Gelsin.