<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=windows-1254" />
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-9" />
<?
 mysql_connect("localhost","mysql_kullanici_adi","sifre");
   mysql_select_db("vt_adi");
   mysql_query("SET NAMES 'latin5'");
mysql_query("SET CHARACTER SET latin5");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION = 'latin5_turkish_ci'");
$kayitlar = mysql_query("select id_kolon_adi,tr_karakter_bozuk_kolon_adi from tablo_adi"); 
while($kayit = mysql_fetch_array($kayitlar)) {
$yazim_as = $kayit['tr_karakter_bozuk_kolon_adikolon_adi']; //tr karakter sorunu olan kolon adı
$ara_as   = array ('ı','Å?','ç','ö','Ä?','ÅŸ','Ç','Ä°','ÄŸ','Åž','Ö','Ãœ','ü','ÄŸ'); 
$degis_as = array ( 'ı', 'ş', 'ç', 'ö', 'ğ', 'ş', 'Ç', 'i', 'ğ', 'Ş', 'Ö', 'Ü', 'ü', 'ğ');

$degistir  = str_replace($ara_as, $degis_as, $yazim_as); 
$id=$kayit['id_kolon_adi']; //id kolonunun adi
$islem="update tablo_adi tr_karakter_bozuk_kolon_adi='$degistir' where id_kolon_adi='$id'"; 
$guncelle = mysql_query ( $islem );
}
?>

Bazı değişikikler yapman lazım aşağıdaki değerleri kendine göre script içinde değiştirmen lazım
mysql kullanıcı
mysq şifre
mysql database adı
id_kolon_adi
tr_karakter_bozuk_kolon_adi
tablo_adi
Şimdi yazdım muhtemelen çalışıyordur