Sorun nedir anlamadım. İndexlerin www siz mi?
indexlerin www li ama site:www.sitem.com diye arayınca mı çıkmıyor. Eğer böyleyse zamanla düzelebilir. Ayrıca bu sorun değil.

İndexlerin www siz olarak alınmışsa, sitene www ile girilemiyordur.
<base href="http://www.siten.com/"> bu tagı meta taglara ekle zamanla düzelir.