aslında 777 vermesi lazım fakat vermeme sebebi belki bir bugdan ötürü olabilir. gerçi kullandığınız bir ftp programı ile tek sefer de alt klasörlerde dahil chmod ayarı sağlayabilirsiniz.

isterseniz bir de şöyle deneyin.

   <?php
$path = "/var/www/vhost/site.com/httpdocs/klasorler/";

$i = 0;
$chmod = 0777;

while (  $i  <= 1000 )
{
  $i++;
  if (mkdir($path.$i,$chmod) && chmod($path.$i,$chmod)) echo $i." klasörü oluşturuldu <br>";
}
?>

eğer yine olmuyorsa artık ftp programı ile alt klasörler de dahil aynı görevi uygula dersen hepsine aynı chmodu uygular...

örneğin: filezilla ftp de bu olay vardır.