Tekrar apache derleyerek php sürümünüzü yükseltebilirsiniz. Panel nedir ? Paneliniz cpanel ise aşağıdaki link size yardımcı olabilir.

WHM Kullanıcıları için SSH üzerinden Apache Derleme - WHM cPanel Destek Platformu

Sitelere birşey olurmu sorusuna gelince; birşey olacağını sanmam.