mysql root şifresi ile olacak iş değil bu.

Sunucularının cPanel olduğunu düşünüyorum. WHM den Server Information 'a gir açılan sayfada en altta Disk bilgileri mevcut onlara baksana dolan birşeyler var mı. Buraya da bir yaz. Eğer orası dolmamışsa elin değmişken

my.cnf dosyasını da yaz tam olsun. hazır scriptlerle optimize etmişsen sıkıntı ondan olabilir