Sanırım bu sefer çözdüm

Öncelikle aşağıdaki dosyaların yedeklerini alalım her ihtimale karşı ;
cp /etc/my.cnf /etc/my.cnf.yedek
cp /usr/local/apache/conf/httpd.conf /usr/local/apache/conf/httpd.conf.yedek
cp /usr/local/lib/php.ini /usr/local/lib/php.ini.yedek

Sonra

/etc/my.cnf içerisine aşağıdakileri ekleyip
service mysql restart
komutunu uygulayın ;

query_cache_type = 1
query_cache_size = 26214400

/usr/local/apache/conf/httpd.conf içerisine (en alta) aşağıdaki kodları ekleyin ;

Timeout 30
KeepAlive On
MaxKeepAliveRequests 100
KeepAliveTimeout 6

<IfModule prefork.c>
StartServers 8
MinSpareServers 5
MaxSpareServers 20
ServerLimit 512
MaxClients 512
MaxRequestsPerChild 4000
</IfModule>

/usr/local/lib/php.ini içerisindeki özellikleri aşağıdaki şekilde düzenleyip
service httpd restart
;komutunu uygulayın

expose_php = Off
register_globals = Off
register_long_arrays = Off
register_argc_argv = Off
magic_quotes_gpc = Off
magic_quotes_runtime = Off
magic_quotes_sybase = Off