taratmak yerine disable_functions a o shellerin çalışmasını engelleyecek işlemleri ekle sen taratıp bulsanda sistemde açık varsa yine sokulur ama dediğim yolla kesin çözüm alırsın

örnek disable_functios satırı

disable_functions: system,dl,passthru,exec,shell_exec,popen,proc_clos e,proc_get_status,proc_nice,proc_open,allow_url_fo pen,chown,chgrp,escapeshellcmd,escapeshellarg,show _source,posix_mkfifo,set_time_limit,mysql_list_dbs ,get_current_user,getmyuid,pconnect,link,symlink,p cntl_exec,ini_alter,parse_ini_file,chmod,pfsockope n,leak,apache_child_terminate,posix_kill,posix_set pgid,posix_setsid,posix_setuid,proc_terminate,sysl og,fpassthru,stream_select,socket_select,socket_cr eate,socket_create_listen,socket_create_pair,socke t_listen,socket_accept,socket_bind,socket_strerror ,pcntl_fork,pcntl_signal,pcntl_waitpid,pcntl_wexit status,pcntl_wifexited,pcntl_wifsignaled,pcntl_wif stopped,pcntl_wstopsig,pcntl_wtermsig,openlog,apac he_get_modules,apache_get_version,apache_getenv,ap ache_note,apache_setenv,virtual

ekstra olarak

allow_url_fopen off
enable_dl off
expose_php off

olarak ayarlanıp safe mode on yapıldığında kolay kolay hiç bir shell sokulmazda çalışmazda

siteler içinde joomla varsa hesaba özel safe mode off yapılabilir

bu ayarlar ssh üzerinden php.ini dosyası içinde bulunur