1. Tek bir veritabanında fakat akıllı tablo yapısı ve ilişkisi içinde çalışın.
Tabloların içeriklerini abartıp bir tabloya herşeyi tıkıştırmak yerine mümkün olduğunca küçük yapıda tablolar oluşturun.

2. Ne demek istediğinizi tam anlamamış olsam da ifade ettiğiniz gibi bir sorun olacağını sanmıyorum.
Tek bir yönetici hesabı ile istediğiniz işlemleri yapmanız sorun teşkil etmez.
Dikkat etmeniz gereken konu tablo yapılarında MyISAM veya InnoDB tercihi olmalıdır.
Her iki yapının da hem avantajları hem de dezavantajları var.
Bunları araştırıp durumunuza uygun olanı tercih edin.
Küçük çaplı projelerde bu seçimin çok da gözle görülür farklılık oluşturacağına ihtimal vermiyorum.