Problemi sanırım çözdüm.

Cpanel Index Manager'da en üst seviyedeki "www" klasörünü "No Indexes" olarak işaretleyince hostta bulunan ve içinde index dosyası olmayan tüm klasörler artık 404 hatası veriyor.

Yanlış veya eksik yaptığım birşey varsa bilgilendirirseniz sevinirim.