Sanırım soruyu da kendim cevaplayacağım

/var/www/vhosts/ <- dizininde tanımlanmış domainlerden hangisine yukardaki işlem yapılmak isteniyorsa giriniz ve daha sonra /conf klasörü içerisindeki httpd.include dosyasının bazı alanlarını editlemeniz yeterli olacaktır, bunun için linux'ta; (nano yerine vi veya pico programlarını da kullanabilirsiniz, yüklüyse tabi sunucunuzda)

[root@server] nano httpd.include <-

<VirtualHost 80.xx.xxx.xxx:80>
ServerName alt-domain.siteadiniz.com:80
ServerAdmin "email@adresiniz.com"
DocumentRoot /var/www/vhosts/adresiniz.com/subdomains/alt-domain/httpdocs
CustomLog /var/www/vhosts/adresiniz.com/statistics/logs/access_log plesklog
ErrorLog /var/www/vhosts/adresiniz.com/statistics/logs/error_log
<IfModule mod_ssl.c>
SSLEngine off
</IfModule>
<Directory /var/www/vhosts/adresiniz.com/subdomains/alt-domain/httpdocs>

Koyu olarak seçilen alanları "/httpdocs/alt-domain" şeklinde değiştirebilirsiniz..

Ben bu şekilde sorunumu çözdüm, farklı çözümleri de olabilir. Umarım sizlere de yararlı olur..