php izni dediğiniz sanırım iis ayar dosyalarından kaynaklanan bir problem.Basit Bir Düzenleme yapamadınızmı da bu kadar sıkıntı oldu.
Ayarlar kendi kendine bozulmaz

Muhakkak bir etki vardır :P
Vps hizmeti durduk yere kesiliyorsa Sanet Sorumlu Buna tamam ama saldırı alan bir sistemde web sayfalarına erişim probleminin yaşanması normaldir.En azından Sisteminizin Donanımsal olarak da yüksek olmasını gerektirir.Cpu limitli bir vpsnin açık kalma şansı pek yok sanırım zaten

Sizin Konunuz Sadece Sizin Bilgi Eksikliğinizden Kaynaklanıyor.
Php izninin hatasını aldıkdan sonra sana linux vps kuralım denildi biz bunu yapamıyoruz denildi. Ve vps yi alırken saldırı falan olduğunda sitelerim kapanıcakmı güvenlik var mı dedim var denildi am 25 gün boyunca toplasan sitelerim 3 4 gün açık kalmıştır