alp3r3r dediğin gibi latin1 latin5 denedim olmadı. veri tabanı karekter seti ile alakalı değil galiba. İlk verdiğin kodda da aynı sorun var. ilk kodda kelimeler dizinin içinden alınıyor. Ben aşağıdaki gibi kelimeleri değiştirdim.
<?php
// Etiket Arrayimiz
$etiketArray = array(); 
// kelimeler
$etiketler = "Ögretmen Ögretmen Ögretmen Ögretmen Ögretmen sarki sarki sarki arastirma ülker Ülser soru cevap hazir";
// kelimeleri say
foreach( str_word_count( $etiketler, 1 ) as $etiket )
{
    // Tekrarlanmayi silip saymayi attir
    array_key_exists( $etiket, $etiketArray ) ? $etiketArray[ $etiket ]++ : $etiketArray[ $etiket ] = 0;
}
// ==============================================================
// = Bulutla Fonksiyonumuz                                      =
// ==============================================================
function bulutla( $etiketArray = array(), $enDusukFont = 12, $enYuksekFont = 30 )
{
    $minSay = min( array_values( $etiketArray ) );
    $maxSay = max( array_values( $etiketArray ) );
    $spread       = $maxSay - $minSay;
    $bulutArray    = array();
    $spread == 0 && $spread = 1;
    foreach( $etiketArray as $etiket => $say )
    {
        $size = $enDusukFont + ( $say - $minSay ) 
            * ( $enYuksekFont - $enDusukFont ) / $spread;
        $bulutArray[] = '<a style="font-size: ' . floor ( $size ) . 'px' 
        . '" class="tag_cloud" href="http://siteniz.com/etiket/' . $etiket 
        . '" title="\'' . $etiket  . '\' toplam bulunan ' . $say . '">' 
        . htmlspecialchars( stripslashes( $etiket ) ) . '</a>';
    }
    return join( "\n", $bulutArray ) . "\n";
}    
?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
    "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
    <title>Etiket Bulutu</title>
    <style type="text/css" media="screen">
        .tag_cloud { padding: 3px; text-decoration: none; }
        .tag_cloud:link  { color: #81d601; }
        .tag_cloud:visited { color: #019c05; }
        .tag_cloud:hover { color: #ffffff; background: #69da03; }
        .tag_cloud:active { color: #ffffff; background: #ACFC65; }
    </style>
</head>
<body>
<fieldset style="background:#FF6600; padding:5px; border:#FF6000 5px dashed; width:480px;">
<legend style="font-size:25px; color:#333333; border:#FF6000 3px solid; background:#FF6600; padding:5px;">Etiket Bulutu</legend>
    <div style="width:500px;">
        <?php echo bulutla( $etiketArray );  ?>
    </div>
    </fieldset>
</body>
</html>
ve sonuçta türkçe karekterler gene yok.
Buradan bakabilirsniz.
Veritabanı bağlantılı halde olanıda Buradan bakabilirsiniz.