/etc/hosts dosyasında
192.168.0.4 domain
değişikliğini yaptıktan sonra
hostname domain komutunu kullandım
artık apacheye restart atınca o hata çıkmıyor. ama hala domaini browsera yazdığımda ilgili klasöre yönlenmiyorlar.

Ubuntu Server ve ISPConfig ile ilgili çok sayıda döküman bulabildiğim için kurdum. Sorun çözülmez ise debian'da deneyeceğim.