Şöyle yapabilirsin aslında

yeni db yi önce komple bir yere import etmek kendin local sunucuna da upload edebilirsin pc de webserver apache vs varsa. Ordan istedigin tabloyu seçip kaydedersin sql olarak, sonra onu editlersin istedigin kısmı alırsın, diger eski veritabanında sorgu olarak çalıştırırsın

Hazır bir program olmaz sanırım çünkü senin hangi veriyi isteyecegini bilemez yazılım ..

Insert into tablo_adi values seklinde baslar zaten genelde..