Aslında şöyle bir mantık düşünebiliriz.
Joomla'yı ana dizine kurarsınız,yani eski html sisteminiz nerdeyse oraya.Sonra Artio Joomsef bileşenini kurarsınız.Artio'nun SEF'lenmiş URL'leri değiştirebilme özelliği var,oradan gerekli adresleri eskisine göre değiştirebilirsiniz.
Tabii zaten dinaik içerik devamlılığı varsa böyle olmalı, haklısınız. Ancak eski içeriğe de eski adresleri elle girmek gerekecek.