Aslında şöyle bir mantık düşünebiliriz.

Joomla'yı ana dizine kurarsınız,yani eski html sisteminiz nerdeyse oraya.Sonra Artio Joomsef bileşenini kurarsınız.Artio'nun SEF'lenmiş URL'leri değiştirebilme özelliği var,oradan gerekli adresleri eskisine göre değiştirebilirsiniz.