Holyboy doğru söylüyor.

vB'nin açığı değildir o, sunucunuz php listpath veya phpshell'leri yiyordur büyük ihtimal ile.

r57 ile bir tanedaha dosya vardı bu shell dosyaları ile config.php ye girip mysql kullanıcı adı ve şifresini öğreniyorlar ve diğer shell dosyası ile mysql e bağlanıyorlar. Öğrendikler mysql bilgileri ile sitenin mysql i bağlanıp admin kullanıcısının md5 li şifresini kendi md5'li şifreleri ile değiştitiyorlar.