Google burada yalnızca 400'ler otomatik yönlendiği için doğrulama dosyası kullanılarak doğrulama yapılamayacağını söylüyor.

Sen de bu yüzden meta tag ekleme yöntemiyle siteni doğrulayacaksın. SEF URL'lerden vaz geçmene gerek yok.

Zaten dikkat edersen SEF URL kullanan çoğu site'de doğrulama için meta tag vardır. Webmaster tools'da doğrulama yöntemi olarak meta tag ekleme yolunu seç, gerekli tag'i ekle.