domaini silerken silme işlemi tamamlanmadan sayfayı kapatmışsınız yada farklı nedenide olabilir
bunun için sunucuya ssh ile bağlanın şuadımları izleyin

/usr/local/apache/conf/httpd.conf

açılan sayfada ctrl+w tıklayın ve o domain adını yazın açılan yerdeki virtual host ile başlayan o domaine ait olan bilgileri silin

bunuda yaptıktan sonra whm de dns bölümünden o domaine ait olan dnsyi silin
ve apacheye restart atın sorun düzelicekir.

Not: Eğer root yetkiniz yok ise önce whm panelden dns yi silin var ise eğer yoksa dediklerimi sunucu sahibine söyleyin uygulasın