Dll dosyaları eksikliginden meydana geliyor bu. php.ini yi aç ddl dosyalarının başında ; olmayanları C:\Program Files\PHP\ext içinde varmı yokmu kontrol et büyük ihtimal eksik dll dosyası var onu bul koy yerine iss restart at büyük ihtimal sorun düzelecektir.Eger sorun düzelmez ise Hatayı nasıl bir scriptte veriyorsa yine php.ini den ddl lerin başındaki ; işaretini kaldır.
Eger bu dediklerim ile sorunun hallolmaz ise php-cgi.exe ile çalıştırılan php yi php5isapi.dll ile çalıştır.Ayrıca ext içinde o dll dosyası varmı kontrol et.
home directory>configurations>mappings>aplication extention

Ayrıca şu verdigim linkleri kontrol et
PHP: Microsoft IIS / PWS - Manual
PHP Bugs: #25863: IIS: The specified CGI application misbehaved

Kolay gelsin.