Kaldırdım,sildim,geri getirdim,chmod ayarlarıyla oynadım.Internal Server hatasına kaynak olabilecek tüm sorunları kontrol ettim.

Ayrıca bu hata yanlışlık başka bir .htaccess i üzerine yazdırdıktan sonra oldu fakat .htaccess'in yedeği duruyordu, eski dosyayı atmama rağmen aynısı.