basit bir örnekle anlatayım...

index.php?id=1 iken herşey normal ama sen bunu seo uyumlu hale getirdiğinde

kategori/icerik.html olarak çevirdiğinde gözükmüyorsa...
sorunun belli...
resim, css, adresi dosya ile aynı dizinde tanımlıdır...
bunuda eğer css resim adreslerini tam olarak yazarsan aşarsın yani...
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
yerine
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://siteadı.com/style.css" />
diye düzelterek aşabilirsin...

umarım yardımcı olabilmişimdir...