evet ılık kelimesini ilik yapmak yerine urlencode('ılık') gibi kullanmak daha doğru olur ve arama sonuçlarında çıkar.

kodunuzun:
echo "<a href=http://www.siteadı.com/arama/".$parca[$x].">".$parca[$x]."</a> ";
kısmını

echo "<a href=http://www.siteadı.com/arama/".urlencode($parca[$x]).">".$parca[$x]."</a> ";

şeklinde değiştirdiğinizde türkçe karakter hatası olmayacak ve siteniz doğru birşekilde indexlenecektir.