bildiğim kadarıyla php desteği de olsa iis e zorunluluk vardır. php dosya çalıştırılacağı zaman iis e istek gider ve php uzatılı dosyayı php.exe ile çalıştırması istenir.
iis de site kurulduğunda her site için ayrı web user oluşturulur. mesela a sitesindeki bir dosyayı çalıştırma izini webuser_12 gibi sanal kullanıcıya aittir. siteler arasında dosya taşıdığınızda dosya/klasörün bağlı olduğu user da tanımlı gelir. bu sebeple çalıştırılmak istenen dosya kullanıcı adı ve parola ister. sitenin ilgili yerlkerinde security ayarlarını düzenlemek gerekir.

kabaca anlatmaya çalıştım.