Domain yönergeniz index.php olarak indexlenmesinin sebebi, diğer sayfalarında aldığı linkleme sistemi .com/index.php olduğu için olabilir. Sitenizin keywords,title,des.. sistemi sonuçta index.php içinde yer alıyor, bundan dolayı seo açısından bir sorun çıkaracağnı sanmam.
İkinci konuya gelince yeni açılan sitelerde veya yeni indexlenen ya da sandboxten yeni çıkan sitelerde, ( veya seo uygulaması yapılan yeni siteler ) yan sayfalar,alt sayfalar vs. index.php'den önce çıkabilir.Bu sorun zamanla değişecektir.Ana sayfanız dizinlerden,diğer sitelerden link alınca düzelebilir.