Bende aynı yaşamıştım. GSiteCrawler diye bir programla sitemap hazırlayıp google tanıttıktan sonra olanlar olmuştu. O zamanlar 20 000 sayfa olan index sayısı 900 e kadar düşmüştü. Daha sonra sitemapı kaldırdım, google den linki sildim vs şu an düzgün. Yaptığın son değişikliğin etken olduğunu düşünüyorum.