Canlı testte Apache'ye hiç istek düşmüyorsa sorun güvenlik eklentisi ya da rate limit değildir, istek sunucuya ulaşmadan bir yerde düşüyordur.
Ben şu sırayla bakardım:

1. DNSSEC: Google kendi DNS'ini kullanıyor ve DNSSEC'i sıkı doğruluyor.
İmza süresi dolmuşsa ya da DS kaydı uyuşmuyorsa Google tarafında çözümleme patlar, siz tarayıcıdan siteye sorunsuz girersiniz. Birkaç sitede aynı anda olduysa ortak nameserver veya registrar tarafını şüpheli görürüm. dig @8.8.8.8 alanadi.com ile bir bakın, SERVFAIL dönüyor mu.
2. AAAA kaydı: Domainde çalışmayan bir IPv6 kaydı varsa Google onu tercih eder, istek IPv4 loguna hiç düşmez.
3. IP aralıkları: Canlı test ve doğrulama istekleri normal Googlebot IP'lerinden gelmiyor (Google-InspectionTool).
Datacenter sadece Googlebot aralıklarına izin veriyorsa normal tarama geçer, canlı test geçmez. Datacenter'a bunu da sorun.

Google tarafında şu an açıklanmış bir tarama arızası yok, o yüzden beklemek yerine bunları kontrol etmenizi öneririm.

Kolay gelsin.