güncelleme:
benim yaşadığım sorun ipv6 + 80 portuyla cloudflare proxy de oluşuyor belkide 443 ile aynı sorun olmayabilir.
hetzner ve cloudflare ile iletişime geçtim. ikiside sorunu birbiri üzerine atıyor ama bana kalırsa sorun hem cloudflare de hemde hetzner de, cloudflare istanbul pop undan gelen istek sunucuya hiç ulaşmıyor ama sadece istanbul pop u diğerlerinde sorun yok. bunu bir türlü anlatamadım cloudflare ye. aynı şekilde belki hetzner, cloudflare istanbul pop undan gelen isteklere daha üst bir seviyedeki firewall dan rate limit koyuyor olabilir. hetzner incelemeden bizden değil dedi.

sonuç olarak çözümüm:
claudflared tunnel kurdum, sorun tamamiyle çözüldü. sıfır 522 hatta daha da iyi oldu 10-20ms bağlantılar hızlandı. mühtemelen bu fark aradaki tcp handshake in ortadan kalkmasından kaynaklandı.
yalnız anlık eşzamanlı trafiğiniz yüksekse, 1-2k ve üzeri ise problem yaşayabilirsiniz. keep alive kapatırsanız da 10k civarına kadar problem olacağını sanmıyorum.