100 WordPress sitesi olan bir sunucuda ben önce dosyaları manuel silmek yerine tam olarak neyin büyüdüğünü tespit ederdim. Sorun çoğu zaman MySQL binary logları, eski yedekler, cache veya site loglarından çıkabiliyor.
Benzer durumlarda önce dizin bazında disk kullanımına bakıyorum. Biz ispmanager'da bunu panel üzerinden oldukça rahat görebiliyoruz ama du ile de kaynağı hızlıca bulabilirsiniz. Sonrasında MySQL boyutuna ve /var/log tarafına bakmak mantıklı olur. Temizlikten sonra disk kısa sürede tekrar doluyorsa sürekli veri üreten süreci bulmak gerekiyor.