Merhabalar hocam, daha önce bir müşterimizde benzer sorunu yaşadık, 150 küsür sitede tek indexe düşmüştü... siteyi kontrol ettiğimizde bazı siteler hack/backlink kodları ekliydi onları düzelttirip tüm arama motorlarına ve sosyal medya hesapplarından paylaştırınca düzelmişti (çok fazla işlem yapılmıştı suan sadece bu kadarını hatırlıyorum)
@samutm; da belirttiği gibi temada ki veya eklentideki bir kodu zararlı görmüş olabilir değiştirince belli olur