Uzun araştırmalarım sonunda php tarafında şunu fark ettim.Eğer kendi extension xx.so adında bir şifreleme çözümünüz yoksa genel şifre karıştırıcıların çok bir önemi yok.
Eğer paylaşımlı hosting kullanıcılarına yönelik bir proje yaptıysanız, ioncube hosting şirketleri tarafından tanıması sebebiyle mecburen ioncube kullanılmak zorunda kalınıyor.
ioncube tarafında ücretler yüksek olması sebebiyle benim çözümüm şu oldu, tüm dosyalarımı kendi algoritmama göre bytecode formatında şifreledim şifreyi çözen ve çalıştıran dosyamı ise hem kod karıştırıcı kullandım hem de ioncube online encode kullanarak (daha uygun fiyatlı) ile şifreledim.en azından bu şekilde daha güvenli oldu.Diğer dosyalarımıda şifreli olması sebebiyle ioncube kırılsa dahi kodları tek tek çözümlemek zahmetli olacaktır.