cPanel üzerinden Node.js kullanılması mantıklı gelmiyor. VPS/VDS en güzeli ve en hızlısı olur.
Yine de şöyle bir çözüm önerisi buldum:

Alıntı
Terminal (SSH) Kullanarak:
  1. cPanel'de "Terminal"i açın.
  2. "ps aux | grep node" komutu ile çalışan node süreçlerini bulun.
  3. "kill -9 <PID>" komutu ile takılı kalan sürecin PID numarasını sonlandırın.