Cloudflarede tek tek subdomainleri eklemek isterseniz evet limit mevcut fakat Cloudflare kısmına * şeklinde eklerseniz tüm subdomainleri kabul eder.

Sizde cpanelden ister * kullanarak tüm subdomainleri kabul edebilir ya da manuel olarak tek tek oluşturabilirsiniz. ama eğer çok fazla subdomain gereken bir yapı kuracaksanız cpanel tarafından da * şeklinde oluşturup kodla subdomainleri yönetebilirsiniz.

Şahsen ben öyle yapıyorum. cf ve cpanelde * şeklinde tanımlı